本目下分5科：念珠藻科(Nostocaceae)、微毛藻科(Microchaetaceae)、膠須藻科(Rivulariaceae)、偽枝藻科(Scytonemataceae)和顫藻科 (Oscillatoriaceae)。亦有將顫藻科另列為顫藻目 (Oscillatoriales)的，因為它缺異形胞和厚壁孢子，體制上與其他幾科有明顯差異。
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