機(jī)器學(xué)習(xí)幫助科學(xué)家繪制哺乳動(dòng)物免疫系統(tǒng)圖

021年7 月 7 日——根據(jù)最近發(fā)表在美國(guó)國(guó)家科學(xué)院院刊上的一項(xiàng)研究結(jié)果，先進(jìn)機(jī)器學(xué)習(xí)軟件的使用已導(dǎo)致識(shí)別出數(shù)百個(gè)可能影響工作免疫系統(tǒng)的新基因。美利堅(jiān)合眾國(guó)。

正向遺傳學(xué)是反向工作的過(guò)程，從表型(通常由隨機(jī)種系誘變劑誘導(dǎo))開(kāi)始，到致病突變的發(fā)現(xiàn)結(jié)束。傳統(tǒng)上，篩選中檢測(cè)到的突變表型與特定突變之間的聯(lián)系是通過(guò)自動(dòng)減數(shù)分裂映射 (AMM) 實(shí)現(xiàn)的，其中統(tǒng)計(jì)概率暗示了因果關(guān)系。然而，這并不是因果關(guān)系的唯一指標(biāo)。

許多其他因素會(huì)影響正確選擇真正的致病突變，包括：

突變的性質(zhì)(良性、破壞性、無(wú)效)

斷奶前基因生存的必要性

測(cè)試的純合子數(shù)量和表型效應(yīng)的大小

相關(guān)屏幕的數(shù)據(jù)差異特征

由突變引起的不同表型的數(shù)量

共分離突變的存在與否

其他具有類(lèi)似作用的等位基因的觀察

在目前的研究中，由諾貝爾獎(jiǎng)獲得者、宿主防御遺傳學(xué)中心 (CGHD) 主任 Bruce Beutler 博士領(lǐng)導(dǎo)的德克薩斯大學(xué)西南大學(xué)的一個(gè)研究小組設(shè)定了使用人工智能準(zhǔn)確推斷種系突變是特定表型的原因。

該團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了 Candidate Explorer (CE)，這是一種機(jī)器學(xué)習(xí)算法，將遺傳圖譜數(shù)據(jù)的 67 個(gè)特征整合到一個(gè)單一的數(shù)字分?jǐn)?shù)中，在數(shù)學(xué)上可轉(zhuǎn)換為任何假定的突變表型關(guān)聯(lián)的驗(yàn)證概率。軟件考慮的輸入特征包括表型數(shù)據(jù)(來(lái)自篩選)、突變數(shù)據(jù)、基因數(shù)據(jù)和減數(shù)分裂映射數(shù)據(jù)。

Beutler 解釋說(shuō)，這項(xiàng)工作是近十年前開(kāi)始的一項(xiàng)研究計(jì)劃的一部分，旨在識(shí)別可能影響小鼠免疫系統(tǒng)的每個(gè)突變。根據(jù)當(dāng)前研究的結(jié)果，該程序已被用于篩選超過(guò) 55% 的小鼠基因，以了解對(duì)血液中免疫細(xì)胞流式細(xì)胞術(shù)測(cè)量的影響。

“CE 的目的是幫助研究人員預(yù)測(cè)與表型(性狀或功能)相關(guān)的突變是否是真正的致病突變，”Beutler 說(shuō)。“CE 已經(jīng)幫助我們鑒定了數(shù)百個(gè)在免疫中具有新功能的基因。這將提高我們對(duì)免疫系統(tǒng)的理解，以便我們能夠找到保持其強(qiáng)大的新方法，并了解它有時(shí)會(huì)出現(xiàn)問(wèn)題的原因。”

該研究側(cè)重于免疫細(xì)胞群的變化，特別是 B 細(xì)胞、T 細(xì)胞、樹(shù)突狀細(xì)胞 (DC)、巨噬細(xì)胞、中性粒細(xì)胞、NK 細(xì)胞和 NK1.1+T 細(xì)胞。通過(guò)對(duì)來(lái)自突變小鼠的外周血白細(xì)胞的流式細(xì)胞術(shù)分析來(lái)檢測(cè)和測(cè)量所有細(xì)胞群和亞群。

Candidate Explorer 成功評(píng)估了大約 87,000 個(gè)突變/表型關(guān)聯(lián)，這些關(guān)聯(lián)是通過(guò)循環(huán)免疫細(xì)胞的流式細(xì)胞術(shù)篩選確定的。從這些關(guān)聯(lián)中，該軟件區(qū)分了代表 2,336 個(gè)突變的 1,279 個(gè)基因，這些基因被評(píng)為良好或優(yōu)秀的表型因果候選者。

數(shù)據(jù)表明，影響血液中免疫細(xì)胞群的大多數(shù)基因執(zhí)行細(xì)胞類(lèi)型或表型特異性功能。68% 的基因只有 1、2 或 3 個(gè)良好或極好的表型關(guān)聯(lián)，而只有 23% 的基因具有超過(guò) 20 個(gè)良好或極好的關(guān)聯(lián)(許多被確定為眾所周知的免疫調(diào)節(jié)基因)，這證明了這一點(diǎn)。 )。

此外，已知或預(yù)測(cè)對(duì)生存能力至關(guān)重要的 449 個(gè)基因 (35%) 與至少一種流式細(xì)胞術(shù)表型相關(guān)，表明許多對(duì)發(fā)育重要的基因可能在成年白細(xì)胞中也具有功能。

有趣的是，科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)，良好或優(yōu)良基因關(guān)聯(lián)的數(shù)量因受影響的細(xì)胞類(lèi)型而異。通常，B 細(xì)胞和 T 細(xì)胞表型與大多數(shù)基因相關(guān)，而 DC 表型與極少數(shù)基因相關(guān)。

研究人員還確定了代表“新”免疫學(xué)重要基因的 386 個(gè)基因。對(duì)于這些基因中的許多基因，以前沒(méi)有主要的免疫學(xué)或其他表型數(shù)據(jù)可用。

這些數(shù)據(jù)將有助于小鼠遺傳學(xué)家識(shí)別數(shù)量性狀基因座內(nèi)的致病突變，而臨床遺傳學(xué)家可以使用 Candidate Explorer 幫助將致病變異與罕見(jiàn)的遺傳性免疫疾病聯(lián)系起來(lái)，即使在沒(méi)有連鎖信息的情況下。通過(guò)這種方式，該軟件可能會(huì)促進(jìn)和加速對(duì)全基因組關(guān)聯(lián)研究發(fā)現(xiàn)的疾病相關(guān)基因座內(nèi)的因果變異的識(shí)別。

“我們現(xiàn)在已經(jīng)研究了大約 60% 的基因組，并確定了數(shù)千個(gè)基因——其中數(shù)百個(gè)是新基因——它們參與了小鼠的免疫，” Beutler 評(píng)論道。“其中絕大多數(shù)也有助于人類(lèi)免疫力。”

小鼠和人類(lèi)基因組在基因的大小和含量上非常相似。

“幾乎所有的小鼠基因都有人類(lèi)對(duì)應(yīng)物，反之亦然，” Beutler 解釋說(shuō)。

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