今天發(fā)表在 eLife 上的一項研究表明，免疫 T 細胞上病原體識別蛋白的分組可能是確定某人過去是否感染過的關(guān)鍵。
雖然測量針對病原體的抗體的測試通常用于檢測先前感染的跡象，但研究人員更難測量一個人對感染或疫苗接種的 T 細胞反應(yīng)的強度和目標(biāo)，但這些發(fā)現(xiàn)暗示了一個潛在的新方法。有一天，這些患者信息可能有助于檢測感染、指導(dǎo)治療或支持新療法和疫苗的研發(fā)。
免疫 T 細胞幫助身體發(fā)現(xiàn)并消滅有害病毒和細菌。T 細胞外表面的蛋白質(zhì)(稱為受體)使 T 細胞能夠識別并清除已被特定病原體感染的人類細胞。
“雖然大量的特定受體可以提供有關(guān)過去感染的線索，但 T 細胞受體的巨大分子多樣性使得評估哪些受體識別哪些病原體變得非常具有挑戰(zhàn)性。不僅每種病原體都被一組不同的受體識別，而且每個人都會為每種病原體開發(fā)一組個性化的受體，”第一作者、美國華盛頓州西雅圖市 Fred Hutchinson 癌癥研究中心的高級數(shù)據(jù)科學(xué)家 Koshlan Mayer-Blackwell 解釋說.“我們開發(fā)了一種新的計算方法，使我們能夠發(fā)現(xiàn)個體病原體特異性 T 細胞受體之間的相似性。最終，盡管 T 細胞受體具有巨大的多樣性，但我們希望這將有助于形成過去感染的特征。”
該團隊使用來自 患者 T 細胞受體的免疫 RACE 研究的數(shù)據(jù)測試了他們的方法。使用他們的新軟件快速比較大量受體，他們能夠根據(jù)受體氨基酸序列的相似性生成 1,831 個 T 細胞受體組，表明它們具有相似的功能。
在一個獨立的 患者組中，該團隊發(fā)現(xiàn)與受體分組相關(guān)的常見分子模式比以前假設(shè)識別 SARS-CoV-2 病毒部分的單個受體序列更可靠地檢測到，證明了重大改進關(guān)于現(xiàn)有方法。
“我們的研究引入并驗證了一種靈活的方法來識別相似的 T 細胞受體組，我們希望這對研究 T 細胞免疫的科學(xué)家有廣泛的用處，”Mayer-Blackwell 說。“以這種方式將受體分組在一起，可以比較不同人群對感染或疫苗接種的反應(yīng)。”
為了幫助其他研究人員使用這種方法利用他們自己的數(shù)據(jù)開發(fā) T 細胞生物標(biāo)志物，該團隊創(chuàng)建了名為 tcrdist3 的免費可定制軟件。
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