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如何繪制與疾病嚴重程度相關的病毒蛋白圖譜?

一群艾滋病研究人員、細胞生物學家和生物物理學家共同支持新冠科學。他們確定了蛋白的原子結構,認為該蛋白有助于病原體逃逸,抑制人體免疫細胞的反應。該結構圖現已發(fā)表在《PNAS》雜志上,但自8月份以來一直對科學界開放,它為專門為新型量身定制的新型抗病毒治療奠定了基礎,并使進一步研究新出現的病毒對人體的損害成為可能。

“利用X射線晶體學,我們建立了ORF8的原子模型,并突出了兩個獨特的區(qū)域:一個只存在于新型及其直系蝙蝠祖先,另一個沒有任何其他。”加州大學伯克利分校教授、前勞倫斯伯克利國家實驗室(伯克利實驗室)科學家詹姆斯赫爾利說?!斑@些區(qū)域已經穩(wěn)定了這種蛋白,這種蛋白是一種分泌蛋白,不像病毒的特征蛋白那樣與膜結合,產生新的分子間界面。我們研究界的其他人認為這些界面參與了某種程度的反應。新型的致病性高于其進化高度。”

聚焦結構生物學

蛋白質結構圖的生成總是費力的,因為科學家必須設計細菌,它可以提取大量的分子,將分子操縱成純晶體形式,然后對晶體進行多次X射線衍射成像。這些圖像——由晶體中原子的X射線束反射并穿過晶格中的間隙,產生斑點圖案——通過特殊的軟件進行組合和分析,以確定每個原子的位置。根據蛋白質的復雜性,這個艱巨的過程可能需要幾年時間。

對于許多蛋白質來說,通過將未溶解分子的結構與具有相似氨基酸序列的其他蛋白質進行比較,有助于構建圖譜。科學家可以對蛋白質如何折疊成三維形狀做出明智的猜測。

但是對于ORF8來說,團隊必須從零開始。ORF8的氨基酸序列與其他蛋白質完全不同,所以科學家對它的整體形狀沒有參考,而蛋白質的3D形狀決定了它的功能。

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