集成的NGS系統(tǒng)可以提供準(zhǔn)確的基于基因組學(xué)的診斷以加速骨髓腫瘤的治療

識別骨髓腫瘤的復(fù)發(fā)性遺傳改變改善了診斷并擴大了患者可獲得的靶向治療。然而，由于檢測這些改變所涉及的多變和漫長的周轉(zhuǎn)時間，治療開始可能會延遲。在一項新穎的研究中，研究人員評估了一種集成的下一代測序(NGS)系統(tǒng)，發(fā)現(xiàn)它可以提供準(zhǔn)確的、基于基因組學(xué)的診斷，以加快精準(zhǔn)治療的時間，從而有利于患者的預(yù)后。他們的研究結(jié)果發(fā)表在愛思唯爾出版的《分子診斷雜志》上。

在骨髓腫瘤中，骨髓產(chǎn)生過多或過少的紅細胞、血小板或某些白細胞。骨髓腫瘤中復(fù)發(fā)性遺傳改變的發(fā)現(xiàn)提高了診斷的準(zhǔn)確性，并擴大了患者可用的靶向治療選擇。這一進展與改善急性髓系白血病(AML)的治療尤其重要，目前急性髓系白血病的相對五年生存率僅為30.5%。

目前的國家綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)(NCCN)指南現(xiàn)在支持AML基因檢測。最近，出現(xiàn)了許多依賴于特定基因改變的存在與否的藥物靶向療法。這些藥物不僅用于復(fù)發(fā)或難治性疾病，還作為某些患者誘導(dǎo)化療的組成部分。

“這些療法的成功實施依賴于對白血病遺傳特征的即時了解，”美國紐約州紐約州紀(jì)念斯隆凱特琳癌癥中心病理學(xué)和實驗室醫(yī)學(xué)系首席研究員KojoS.J.Elenitoba-Johnson博士解釋說，他是賓夕法尼亞大學(xué)佩雷爾曼醫(yī)學(xué)院病理學(xué)和檢驗醫(yī)學(xué)系的醫(yī)學(xué)博士，美國賓夕法尼亞州費城，在進行研究時。

確定白血病的遺傳特征涉及檢測復(fù)發(fā)性、診斷性和治療相關(guān)的遺傳改變。不幸的是，目前的診斷工具使用多種技術(shù)、不同的專業(yè)領(lǐng)域和不相關(guān)的工作流程，導(dǎo)致明顯變化和漫長的周轉(zhuǎn)時間，可能會延遲治療。

NGS是一個強大的工具，能夠識別大多數(shù)這些變化;然而，目前的NGS平臺和生物信息學(xué)瓶頸是最佳和及時診斷的重大障礙，周轉(zhuǎn)時間通常超過10至14天，從而延遲了治療決策。因此，實驗室通常會執(zhí)行冗余測試，以支持關(guān)鍵變體的更快周轉(zhuǎn)時間。

為了滿足更有效地識別這些改變的需求，研究人員評估了IonTorrentGenexus平臺上的Oncomine骨髓檢測GX面板，這是一個快速(不到24小時的核酸到結(jié)果周轉(zhuǎn)時間)集成核酸NGS平臺，用于檢測骨髓疾病中臨床相關(guān)的遺傳畸變。標(biāo)本包括合成DNA(101個靶標(biāo))和RNA(9個靶標(biāo))對照以及來自骨髓或外周血樣本的真實世界核酸物質(zhì)(40名患者)。臨床DNA和RNA樣本是從血液或骨髓標(biāo)本中回顧性鑒定的，這些標(biāo)本已經(jīng)在臨床實驗室改進修正案(CLIA)認(rèn)證的臨床實驗室中按照先前驗證的方案進行了核酸提取和基因檢測。

將結(jié)果和性能指標(biāo)與兩個獨立臨床實驗室中經(jīng)過臨床驗證的基因組測試工作流程獲得的結(jié)果和性能指標(biāo)進行比較。該測定確定了100%的DNA和RNA對照變異。對于來自患者的標(biāo)本，它報告了82個DNA變異中的107個和臨床驗證的測定中鑒定的所有19個RNA基因融合，總體檢出率為80%。對導(dǎo)出的未經(jīng)過濾數(shù)據(jù)的重新分析揭示了15個最初未鑒定的DNA變異，總體潛在檢測率為92%。

這些結(jié)果有望用于實施集成的NGS系統(tǒng)以快速檢測遺傳畸變，促進準(zhǔn)確的，基于基因組學(xué)的診斷，并加快骨髓腫瘤的精準(zhǔn)治療時間。

“與目前的測試方法相比，使用該平臺具有顯著的實驗室工作流程優(yōu)勢，”Elenitoba-Johnson博士評論道。“基于工作流程的自動化和集成平臺可在不到24小時內(nèi)提供臨床相關(guān)結(jié)果，可以徹底改變腫瘤疾病的診斷檢查，從而可能改善患者的預(yù)后。在臨床相關(guān)的時間尺度上獲得準(zhǔn)確的結(jié)果將使基因組研究能夠在第一線部署，以對患者進行診斷評估。諸如此類的自動化工作流程將提高運營效率，并對實驗室費用產(chǎn)生重大經(jīng)濟影響，因為減少對人類參與進行實驗室測試的需求。

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